Системная ФДТ предполагает внутривенное введение фотосенсибилизатора, что позволяет воздействовать на глубокие слои кожи и труднодоступные очаги поражения. Обычная ФДТ использует наружное нанесение препарата и эффективна преимущественно для поверхностных поражений.